中心以“制度先行、规范运行、安全至上”为原则，建立覆盖教学、管理、设备、安全、质量、开放等全流程的制度体系，严格执行校院两级20余项规章制度，运行规范、管理精细、落实到位。制度体系涵盖实验教学管理、实验室运行、仪器设备管理、档案管理、开放共享、安全防控等多个方面，明确管理职责、运行流程、操作规范与责任追究机制，确保各项工作有章可循。

在安全管理上，中心建立安全治理领导小组、安全员、安全网格员三级责任体系，定期开展安全检查、隐患排查与应急培训，近五年实现安全责任事故零发生；在质量保障上，实行督导听课、教师自评、学生评教多元评价机制，细化实验教学考核标准，持续改进教学质量；在开放管理上，严格执行预约制度、准入制度、使用登记制度，实现规范化、信息化、可视化管理，保障实验室高效、安全、稳定运行，为自治区一流实验教学示范中心建设提供坚实制度保障。